Kotagede yang sering disebut juga Sargede terletak kurang lebih lima kilometer di sebelah tenggara Yogyakarta. Di kawasan ini wisatawan dapat mengunjungi makam Raja-raja Mataram seperti Sutowijoyo atau Ngabei Loring Pasar, pendiri Kerajaan Mataram yang kemudian digelari Panembahan Senopati. Ada juga makam yang unik dari Ki Ageng Mangir, yaitu menantu dan sekaligus musuh Panembahan Senopati. Jasadnya dimakamkan diluar kompleks.Seratus meter dari makam terdapat sebuah batu yang disebut ‘Watu Gilang’, yaitu batu yang digunakan oleh Panembahan Senopati untuk menghantam kepala Ki Ageng Mangir hingga tewas. Bagi yang ingin masuk ke dalam makam harus mengenakan pakaian tradisional yang dapat disewa di tempat itu juga. Makam Raja-raja di Kotagede dibuka setiap hari Senin jam 10.00 sampai 12.00, dan hari Jumat. Di sana terdapat gerbang yang anggun, kolam yang penuh dengan Clarius Melanodermas dan kura-kura kuning yang telah berumur ratusan tahun, masyarakat meyakini bahwa kura-kura tersebut ajaib dan keramat Kompleks makam berada dalam lingkungan pagar tembok berbahan batu putih dan batu bata.
Kompleks makam terbagi dalam 3 bagian, yaitu Masjid, makam dan sendang. Masjid terletak di bagian Timur, makam di bagian Barat dan sendang di bagian Barat Daya. Ketiga bagian tersebut dibatasi oleh pagar tembok dan dihubungkan dengan gapura. Pada halaman pertama ini terdapat prasasti yang berbunyi: Kanjeng Panembahan Senopati, Bertahta Kerajaan Mataram, Tahun Djinawal : 1509 Tahun Masehi : 1579, Kubur Kotagede Selain itu juga terdapat bangunan yang disebut dengan Bangsal Duda dengan. Halaman Kedua, di halaman ini terdapat 4 buah bangunan, yaitu bangunan di sudut Tenggara, Timur laut, Barat laut dan Barat Daya. Halaman Ketiga, terdapat bangunan utama yang terdiri dari 3 buah bangunan yang disebut Bangsal Prabayaksa, Bangsal Witana dan Bangsal Tajug.
Bangsal Prabayaksa merupakan bangunan berdinding tembok di dalam bangsal ini terdapat 72 makam yang dibuat dengan bahan marmer berwarna putih, yaitu antara lain makam Panembahan Senopati, Sultan Sedo Krapyak, Sultan Sepuh, Pangeran adipati Pakualam I, ki Ageng Mangir, PA II, PA III, dan PA IV Khusus untuk makam Ki Ageng Mangir, sebagian berada di luar bangunan dan sebagian berada di dalam bangunan.
angsal Witana, di dalam bangsal witana ini terdapat 4 buah makam dari bahan marmer, yaitu makam Ki Ageng Pemanahan dan Ki Ageng Juru Mertani. Bangsal Tajug, di dalam bangunan terdapat 3 buah makam, yaitu makam Nyai Ageng Nis, Pangeran Jayaprana dan Datuk Palembang. Selain bangunan utama terdapat bangunan cungkup yang lain dengan ukuran yang lebih kecil, yang berada di sebelah Timur bangunan utama. Cungkup tersebut berisi makam-makam keturunan Pangeran Pakualam I Terletak di Desa Jagalan, Kecamatan Banguntapan, Kabupaten Bantu tepatnya di sebelah Selatan Pasar Kotagede.
